Трагедия произошла примерно в 23:10 – 23:20 в Южном административном округе столицы, на улице Москворечье, дом 4. Именно этот адрес имеет храм Святого Фомы. По одной версии неизвестный стрелял в священнослужителя и его помощника во дворе церкви, по другой – убийство произошло в помещении храма. Двумя выстрелами в голову и грудь батюшка был убит, а Владимир Стрельбицкий выжил и в тяжелом состоянии был госпитализирован в ближайшую больницу.

По данным РИА «Новости», которое ссылается на слова раненого помощника священника, стрелявший, предположительно кавказец, с места преступления скрылся пешком. Другие свидетели преступления, описывая внешность убийцы, заявили, что это мужчина в сером плаще ростом около 190 сантиметров плотного телосложения, стрелявший из пистолета Макарова калибра 9 мм.

В Московской патриархии РИА «Новости» сообщили, что Даниил Сысоев был известен своей активной миссионерской деятельностью. Именно по этой причине он и мог быть убит, считают в правоохранительных органах столицы, которые уже возбудили уголовное дело по трем статьям УК РФ (убийство, покушение на убийство двух и более лиц, незаконный оборот огнестрельного оружия). Об этом российским информагентствам заявил прибывший на место преступления руководитель следственного управления СКП РФ по Москве Анатолий Багмет.

Иерей Даниил Сысоев, сообщили в Московском патриархате, был известен как богослов, находившийся в постоянном диспуте с экстремистскими направлениями ислама. Из-за этого он постоянно получал угрозы, первые из которых поступили в его адрес после того, как четыре года назад он провел публичный диспут с бывшим православным священником Вячеславом Полосиным, который принял ислам.

Сысоев являлся автором ряда трудов, в частности, «Брак с мусульманином» и «Православный ответ исламу». Расширяя свою миссионерскую деятельность, отец  Даниил основал в Москве школу уличных проповедников, кроме того, он помогал организовывать такие школы в Саратове, Ульяновске и Мурманске.

За последние четыре года иерей Даниил Сысоев получил 14 угроз в свой адрес. Звонившие по его мобильному телефону и писавшие письма на его электронную почту угрожали «выпустить кишки» священнику, а в последнее время заявляли, что ему «вынесен смертный приговор». Ранее батюшка Даниил обратился за помощью в ФСБ, после чего в течение некоторого времени угрозы от «защитников мусульманства» перестали поступать в его адрес.

Не исключают в правоохранительных органах столицы и версию, согласно которой к убийству иерея Даниила Сысоева могут быть причастны представители секты так называемых «родноверов», в состав которых входят молодые люди -язычники. По крайней мере, именно они, как установило следствие, ранее устроили взрыв в одном из храмов Москвы.

По данным следствия, перед расправой над священником убийца позвонил батюшке Даниилу на мобильный телефон и спросил, будет ли тот в храме. Как заявил источник «Интерфакса» в правоохранительных органах столицы, после того, как священник ответил утвердительно, убийца подъехал к храму и расстрелял настоятеля церкви Святого Фомы.

В Русской Православной Церкви эту трагедию назвали ужасной. «Прежде всего, хотелось бы выразить соболезнования родным и близким отца Даниила, его супруге и трем дочерям, - заявил глава синодального Информационного отдела Владимир Легойда. – Это ужасная трагедия и, как любое убийство, это нарушение заповедей и очень большой грех».